Program pendidikan pascasarjana INSURI Ponorogo memiliki struktur organisasi sebagai berikut,
Jabatan
Nama
Direktur
Dr. Jauhan Budiwan, M.Ag
Kaprodi Magister PAI
Dr. Nurul Malikah, M.Pd
Kepala TU
Staff TU
Al Muchid Nurkholis, S.T
Kepala Perpustakaan Pascasarjana
